Про існування чи відсутність профспілкових організацій у вищих педагогічних закладах Київщини дореволюційної доби архівних досліджень не проводилося. Тому можна вважати, що профспілкова організація нашого університету веде свій історичний відлік з 15 липня 1920 р., коли формально був створений Київський інститут народної освіти (КІНО), якому було присвоєно ім'я Михайла Драгоманова.

У 1920 р- профспілкова організація університету нараховувала 32 членів спілки з викладачів та студентів, У передвоєнні роки членами профспілки вже були 125 викладачі п з співробітників та 580 студентів. У повоєнні роки профспілкова організація викладачів, співробітників і студентів також була об'єднаною. Лише на початку 70-х років XX століття із загальноінститутської профспілкової організації виокремилася студентська профспілка. Нині профспілкова організація викладачів і співробітників НПУ імені М.П Драгоманова налічує 1992 члени і має статус районної м. Києва профспілки. До складу спілки входять як академіки, професори, доценти, викладачі, так і навчально-допоміжний склад, робітники, прибиральниці тощо. У даній спілці перебувають працюючий склад університету і роботодавці, що не є загальноприйнятою нормою цивілізованих країн.
Загальноуніверситетським керівним органом профспілки є профком, який обирається профспілковою конференцією терміном на п'ять років і має щорічно звітувати про проведену роботу. Нинішній склад профкому, обраний у 2004 році, нараховує сорок чотири особи, з них вісімнадцять голів профбюро підрозділів університету. Сформовано і працюють при профкомі дванадцять комісій з різних напрямків профспілкової роботи. До складу профкому входять: член.-кор. АПН України — один; докторів наук, професорів — шість; кандидатів наук, доцентів — дванадцять; старших викладачів — тринадцять; інших — дванадцять. Головою профспілки університету і головою профкому є професор І.Т.Горбачук, заступниками голови були професор В.М.Барановський і доцент О.ВЛаврух, у даний час — доцент С.О.Ставицька.
Головами профкому в повоєнні роки були: МЛ.Рабінович (1946-1952), Д.Ф.Ніколаєнко (1952-1960), П.М.Федченко (1960-1962), О.К.Євтушенко (1962-1970), Д.О.Тхоржевський (1970-1971), М.В.Філоненко (1971-1973), О.Г Мороз (1973-1976), М.В.Левченко (1976-1977), О.Г. Мороз (1977-1978), Б.К. Гришко-Богменко (1978-1980), І.Т. Горбачук (1980-1981), М.Н. Шабатура (1981-1982), В.О.Соловієнко (198-2-1984), В.С. Коваль (1984-1991), І.Т.Горбачук (1991—по даний час).

Первинна профспілкова організація університету є складовою частиною Київської міської профспілки працівників освіти і науки, яку вже протягом п'ятнадцяти років очолює А.К.Свиридов, Київської міськпрофради (голова М.Ю.Верес) та Всеукраїнської профспілки працівників освіти і науки (голова Л.С.Сачков). З жовтня 1999 р. основним законодавчим документом, який регламентує діяльність профспілки, є Закон України "Про професійні спілки, їх права та гарантії діяльності". Статутним документом є Положення про профспілку працівників освіти і науки м. Києва.
Діяльність профспілкової організації університету за час її існування можна умовно розділити на два періоди. Перший характеризувався ідеологічними компартійними установками та практичними діями щодо вдосконалення організації праці і соціалістичного змагання, ефективного використання обладнання, впровадження у практику передового досвіду, охорони праці та техніки безпеки, організації культпоходів, зустрічей з політичними і громадськими діячами, видатними людьми, поліпшення житлово-побутових умов та оздоровлення членів профспілки. Не секрет, що профспілка була переважно своєрідним "привідним пасом" адміністрації та "школою комунізму" і брала на себе переважно виробничі та виховні функції
Другий період, який охопив роки розпаду СРСР та становлення молодої незалежної Української держави, докорінно змінив роль і завдання цієї масової організації. Він виявився значно складнішим. Потрібно було по-новому будувати стратегію і тактику взаємостосунків профспілки як представника та захисника трудових і соціально-економічних інтересів своїх членів не тільки з адміністрацією університету, а й з виконавчою владою взагалі. Статус профспілки університету значно зріс, і вона нині виступає в ролі єдиного колективного громадського органу, що входить до складу профспілки освіти і науки всієї країни, яка має бути здатною захистити соціально-економічні, трудові та громадські права освітян у цілому та кожного її члена зокрема. Стало необхідним знати законодавство та практично проводити масові заходи: маніфестації, пікетування, страйки з вимогами не тільки до адміністрації університету, але й до Міністерства освіти і науки, Кабінету Міністрів, Верховної Ради, Президента України. Ці вимоги стосувалися в першу чергу збереження освітнього потенціалу країни, кваліфікованих кадрів, їхнього життєвого рівня, виконання в повному обсязі закону "Про освіту".
Разом з утвердженням приватної власності, зміною суспільного ладу та переходом до ринкових відносин почалося розшарування на багатих і бідних. Одним із найважливіших завдань профспілки університету в цих умовах було надання всебічної допомоги її членам і насамперед шляхом регулювання взаємовідносин трудового колективу та адміністрації через колективний договір. На сьогодні колективний договір, зареєстрований у Шевченківській райдержадміністрації, набув статусу найважливішого юридичного документа, який разом із Статутом та Правилами внутрішнього розпорядку врегульовує діяльність трудового колективу та адміністрації університету. Цей договір, щорічно оновлюючись за змістом, набуває неабиякої сили, охоплюючи переважно додаткові, порівняно з чинним законодавством, положення щодо соціальної і правової допомоги, умов праці та її оплати, надання матеріальної підтримки, оздоровлення і відпочинку, житлово-побутового забезпечення, охорони праці членів трудового колективу тощо.
Із загостренням економічної кризи, коли урядом практикувалися невиплати і без того мізерної заробітної плати, складним було матеріальне становище пенсіонерів, одиноких батьків, багатодітних сімей, студентів. Це загострювало соціальну напругу в колективі та призводило до відпливу з державного навчального закладу кадрів, особливо молодих та висококваліфікованих. Дії профспілки були адекватними ситуації. Це перехід до методів більш жорсткої боротьби за права освітян у державі та організація господарської, виробничої і комерційної діяльності в підрозділах університету, реалізація продовольчих та промислових товарів за цінами виробника, створення фондів і програм соціального захисту, створення власних баз оздоровлення "Сула", "Берізка", бази відпочинку в Ясенях (Карпати), профілактичне оздоровлення на базі гуртожитків Кримського гуманітарного інституту, розширення можливостей санаторного оздоровлення. Останнім часом за рахунок соцстраху та коштів університету і профкому щорічно оздоровлюються близько 400 членів профспілки, з них 70—80 лікуються в санаторіях України. Університет має плани подальшого розширення можливостей оздоровлення працівників і студентів на базах Криму, Карпат.
Члени профспілки викладачів і співробітників університету беруть активну участь у спортивно-масовій роботі (здобуто призові місця у проведених міських спартакіадах, в тому числі з міні-футболу), у культурній роботі (екскурсії у Вінницю, Чернігів, Полтаву, Умань, Суботів, Батурин, по Києву і Київщині, культпоходи в музеї та театри).
Протягом 90-х років у зв'язку з демократизацією суспільства значно зросла громадська та політична активність членів профспілки, що проявляється у відстоюванні своїх прав шляхом колективних переговорів, а в окремих випадках і через суд, в їхній активній державницькій позиції під час виборчих кампаній усіх рівнів, участі у формуванні керівних кадрів, в їхніх діях, спрямованих на зміцнення і розбудову незалежної Української держави, в їхній патріотичності.
Профспілкова організація університету бачить своє майбутнє у підвищенні авторитету в трудовому колективі шляхом більш повного врахування проблем і потреб кожного члена профспілки, прямого практичного співробітництва з профбюро підрозділів, профгрупами кафедр та шляхом конструктивного ділового співробітництва з адміністрацією університету. Активізація роботи профспілки — шлях до посилення мотивації членства і єдності працівників НПУ імені М.П.Драгоманова.